Seit den 1990er Jahren wuchs das öffentliche Interesse an den Lebensgeschichten von Menschen, die während der NS-Diktatur verfolgten Jüdinnen und Juden halfen. Angeregt von der Vereinigung „Gegen Vergessen – Für Demokratie” gab es zwischen 1997 und 2002 unter der wissenschaftlichen Leitung von Prof. Wolfgang Benz am Zentrum für Antisemitismusforschung der Technischen Universität Berlin das Forschungsprojekt „Rettung von Juden im nationalsozialistischen Deutschland 1933–1945”. Auch Filme wie „Schindlers Liste” und zahlreiche Publikationen verstärkten das Interesse am Thema. In der Dauerausstellung der Gedenkstatte Deutscher Widerstand entstand unter der wissenschaftlichen Leitung von Prof. Dr. Peter Steinbach bereits 1988 ein Ausstellungsbereich über „Hilfen für Verfolgte“.

Unter der maßgeblichen Beteiligung der Zeitzeugin und Publizistin Inge Deutschkron entwickelte sich seit 1999 aus einem Projekt von Studierenden das Museum Blindenwerkstatt Otto Weidt in Berlin-Mitte, Rosenthaler Straße 39. Hier arbeiteten während der Zeit des Nationalsozialismus hauptsächlich blinde und gehörlose Jüdinnen und Juden unter dem Schutz des Bürstenfabrikanten Otto Weidt (1883–1947). Nach vielfältigen Bemühungen, auch durch den damaligen Bundespräsidenten Johannes Rau, konnte 2004 der Gebäudekomplex in der Rosenthaler Straße 39 mit Mitteln des Bundes und der Stiftung Klassenlotterie Berlin erworben werden. Es sollte nicht nur das Museum Blindenwerkstatt Otto Weidt ausgebaut, sondern auch eine zentrale Gedenkstätte „Stille Helden” errichtet werden.

Mit der inhaltlichen und organisatorischen Vorbereitung wurde im April 2005 die Gedenkstätte Deutscher Widerstand beauftragt. Am 27. Oktober 2008 wurde die Gedenkstätte Stille Helden eröffnet.

Diese erste Dauerausstellung widmete sich auf räumlich sehr beengten Flächen den Rettungsversuchen von Deutschen in Deutschland und den deutsch besetzten Gebieten. Sie sollte in einem zweiten Schritt erweitert und um die Hilfen für jüdische Verfolgte in den deutsch besetzten Ländern ergänzt werden. 2015 zeigte sich, dass eine räumliche Ausweitung in der Rosenthaler Straße 39 nicht möglich war. Eine Lösung des Problems ergab sich durch eine Verlagerung der Gedenkstätte Stille Helden in den räumlichen Zusammenhang der Gedenkstätte Deutscher Widerstand in Berlin-Mitte in der Stauffenbergstraße 13-14 in Berlin-Tiergarten. Dort wurde seit Februar 2018 eine erheblich erweiterte Dauerausstellung über Rettungen und Rettungsversuche von Deutschen gezeigt.

Jetzt war es in einer zweiten Erweiterungsphase möglich, in Zusammenarbeit mit der Gedenkstätte Yad Vashem und vielen europäischen Partnerinstitutionen eine Dauerausstellung über die Rettung von Jüdinnen und Juden überall im deutsch besetzten Europa zu realisieren, die im Oktober 2020 eröffnet wurde.

Die neue Dauerstellung der Gedenkstätte Stille Helden wurde von der Ausstellungsarchitektin Ursula Wilms und dem Ulmer Büro Braun Engels Gestaltung geplant und unter ihrer Verantwortung realisiert. Die thematische Arbeit übernahm ein Team von Kuratorinnen unter der wissenschaftlichen Leitung von Prof. Dr. Johannes Tuchel, das mit Unterstützung vieler Institutionen und Privatpersonen aus ganz Europa und Israel erstmals ein umfassendes Bild vom Widerstand gegen die nationalsozialistische Judenverfolgung entwickeln konnte.