Als Sohn eines Chemikers in der Schweiz geboren, sammelt Werner Sylten nach dem Theologiestudium Erfahrungen in der Sozialarbeit und leitet ab 1925 ein Mädchenheim in Thüringen. Er steht den Religiösen Sozialisten nah und schließt sich der Bekennenden Kirche an. Weil er nach den „Nürnberger Rassengesetzen“ als „Mischling“ gilt, wird Sylten Ziel antisemitischer Angriffe. 1936 wird er entlassen.
Sylten leitet danach das Thüringer Büro der Bekennenden Kirche, bis es 1938 von der Gestapo geschlossen wird und er Thüringen verlassen muss. Pfarrer Heinrich Grüber gewinnt ihn als Mitarbeiter für die „Kirchliche Hilfsstelle für evangelische Nichtarier“ in Berlin. Hier unterstützt Sylten rassistisch Verfolgte evangelischen Glaubens seelsorgerisch und bei der Auswanderung. Nach der Verhaftung von Pfarrer Grüber übernimmt er die Geschäftsführung der Hilfsstelle, bis er schließlich das Büro auflösen muss. Ende Februar 1941 wird auch Sylten festgenommen und nach dreimonatiger Untersuchungshaft in das Konzentrationslager Dachau eingeliefert. Dort schwer erkrankt, wird Werner Sylten im August 1942 in einem „Invalidentransport“ verschleppt und in der Tötungsanstalt Schloss Hartheim bei Linz ermordet.