Der promovierte Jurist studiert ab 1926 katholische Theologie, wird 1932 zum Priester geweiht und arbeitet zunächst als Studentenseelsorger an der Uni Marburg. Mitte 1938 übersiedelt Werner Becker nach Leipzig und tritt dem Oratorium des heiligen Philipp Neri bei, einer Priestergemeinschaft an der Liebfrauenkirche im Stadtteil Lindenau. Seit November 1939 leitet er als Nachfolger seines verhafteten Mitbruders Heinrich Kahlefeld die Leipziger Hochschulseelsorge.
Im Oktober 1943 muss Becker wegen angeblicher Beihilfe zum „Untertauchen“ einer jüdischen Medizinstudentin, Else Seelenfreund, sein Amt niederlegen. Er soll sie bei einer Tante im Rheinland versteckt haben. Um einer drohenden Verhaftung zu entgehen, meldet sich Becker freiwillig als Sanitäter für die Wehrmacht. 1945 wird er aus russischer Kriegsgefangenschaft entlassen. Ins Leipziger Oratorium zurückgekehrt, ist er bis 1961 weiter als Hochschulpfarrer tätig. Von 1966 bis 1976 leitet er die Ökumenische Arbeitsstelle.
Seit 2019 erinnert eine Gedenktafel in Leipzig an die drei Oratorianer Werner Becker, Theodor Gunkel und Josef Gülden.