Theodor Gunkel nimmt als Soldat am Ersten Weltkrieg teil. Ab 1919 studiert er katholische Theologie und wird 1926 zum Priester geweiht. Er ist einer der Mitbegründer des Oratoriums des heiligen Philipp Neri. Von 1931 bis 1966 ist er als Pfarrer dieser Priestergemeinschaft an der Liebfrauenkirche in Leipzig-Lindenau tätig. Nach dem fehlgeschlagenen Attentat von Georg Elser auf Hitler am 8. November 1939 werden Gunkel und seine Mitbrüder Heinrich Kahlefeld und Philipp Dessauer inhaftiert. Nach etwa sechs Wochen wird Gunkel wieder freigelassen.
1942 besorgt er für Eva Rosenfeld, eine jüdische Ärztin, ein Versteck in Leipzig sowie den Ausweis einer Berliner Katholikin. Durch die ständige Angst gepeinigt, ihre Helfer in Gefahr zu bringen, begeht Eva Rosenfeld im Januar 1944 Suizid. Als im Februar 1945 einer in „Mischehe“ lebenden Jüdin, Karoline Scherf, die Deportation nach Theresienstadt droht, bringt Gunkel sie zu den katholischen Schwestern Helene und Ottilie Spitzer, die in unmittelbarer Nähe der Kirche wohnen. Dort übersteht Scherf die letzten Kriegswochen.
Seit 2019 erinnert eine Gedenktafel in Leipzig an die drei Oratorianer Theodor Gunkel, Josef Gülden und Werner Becker.