Isa Gruner wächst in Hannover und Berlin auf. Nach ihrem Schulabschluss absolviert sie eine Ausbildung zur Kindergärtnerin am Pestalozzi-Fröbel-Haus in Berlin. Am Sozialpädagogischen Seminar macht sie eine Ausbildung als Wohlfahrtspflegerin und freundet sich mit der Gründerin des Seminars Anna von Gierke an. Nach dem Abschluss ihrer Ausbildung 1922 arbeitet Gruner in Guben und kehrt 1927 nach Berlin zurück.
1933 wird Anna von Gierke aufgrund ihrer jüdischen Herkunft all ihrer Ämter enthoben. Daraufhin übernimmt Isa Gruner die Leitung des Landjugendheims in Finkenkrug. Dort bringt sie mehrere verfolgte jüdische Kinder unter. Mithilfe von Quäker*innen können einige dieser Kinder mit Kindertransporten nach Großbritannien in Sicherheit gebracht werden.
Außerdem übernimmt Isa Gruner die Vormundschaft des in Finkenkrug untergetauchten jüdischen Mädchens Christa Schmey, dessen Mutter 1942 im Konzentrationslager Ravensbrück ermordet wird. Christa Schmey überlebt.
Nach dem Zweiten Weltkrieg baut Isa Gruner das Landjugendheim in Finkenkrug aus. 1950 verlässt sie das nun in der DDR liegende Heim und geht nach West-Berlin. Dort ist sie weiter als Sozialpädagogin tätig.